Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Nusa Tenggara Timur pertama kali dibentuk bernama Kantor Wilayah Departemen Kehakiman sesuai Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.04-PR.07.10 Tahun 1982, tentang Pembentukan Kantor Wilayah Departemen Kehakiman NTT dan Timor-Timur.
Pada awal terbentuknya, Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Nusa Tenggara Timur membawahi beberapa Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang terdiri dari : Pengadilan Negeri, Pengadilan Tinggi, Lembaga Pemasyarakatan, Rumah Tahanan Negara, Cabang Rumah Tahanan Negara, Balai Harta Peninggalan, Balai Bimbingan Kemasyarakatan, dan Pengentasan anak serta Keimigrasian.
Seiring dengan berjalannya waktu dan perkembangan pemerintah baik ditingkat pusat maupun didaerah , maka pada era pemerintahan presiden Abdurrahman Wahid, Departemen Kehakiman RI mengalami 2 (dua) kali perubahan nomenklatur, yakni : Departemen Hukum dan Peraturan Perundang-undangan RI dan Departemen Kehakiman dan Hak Asasi Manusia RI.
Pada era Pemerintah Presiden Susilo Bambang Yudhoyono periode 2010-2014 berdasarkan Peraturan Presiden RI Nomor 47 Tahun 2009 tanggal 3 November 2009, Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia RI Kembali mengalami perubahan dari Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia RI menjadi Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia RI
Kepala Kantor Wilayah di awal berdirinya dibantu oleh para koordinator antara lain Koordinator Administrasi, Koordinator Pemasyarakatan dan Koordinator Keimigrasian. Kemudian dengan diterbitkannya Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.01.PR.07.10 Tahun 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia, istilah Koordinator diubah menjadi Divisi dan masing-masing divisi dipimpin oleh seorang Kepala Divisi.
Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 30 tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah disebutkan bahwa Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia adalah instansi vertikal Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia yang dipimpin oleh seorang kepala Kantor Wilayah yang mengkoordinasikan pelaksanaan tugas para kepala divisi. Kanwil Kemenkumham terdiri dari 4 (empat) divisi yang terdiri dari:
- Divisi Administrasi, yang mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang pembinaan dan dukungan administrasi di lingkungan Kantor Wilayah berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan dan kebijakan yang ditetapkan oleh Sekretaris Jenderal;
- Divisi Pemasyarakatan, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang Pemasyarakatan berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Pemasyarakatan;
- Divisi Keimigrasian, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang keimigrasian berdasarkan kebijakan yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Imigrasi;
- Divisi Pelayanan Hukum dan Hak Asasi Manusia, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang Pelayanan Hukum dan Hak Asasi Manusia berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Nusa Tenggara Timur membawahi 26 (Dua Puluh Enam) Unit Pelaksana Teknis, yang terdiri dari 11 (Sebelas) Lembaga Pemasyarakatan, 8 (Delapan) Rumah Tahanan, 2 (Dua) Balai Pemasyarakatan, 1 (Satu) Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara, 4 (Empat) Kantor Imigrasi dan 1 (Satu) Rumah Detensi Imigrasi.